現代工業潔凈室的空氣消毒方法, 主要有紫外線消毒、空氣過濾、臭氧和熏蒸消毒以及靜電吸附等，往往在設計潔凈車間時會采用一種到兩種來控制潔凈空間內的微生物含量。采用臭氧消毒是主要方法之一，對大部分潔凈車間具有普適性。臭氧有較好的擴散性, 臭氧消毒具有消毒效果持續時間長和消毒無殘留和無死角的優點,能夠有效的殺滅空氣中的微生物。臭氧殺菌受溫度、濕度和濃度作用的影響較大, 通常情況溫度低和濕度大的環境下的臭氧殺菌效果較好。

臭氧在常溫下15～20分鐘后分解，臭氧在200攝氏度下幾乎瞬間分解，所以臭氧消毒的溫度越低就越好。此外，臭氧在濕度越高的環境下消毒效果越好。有論文顯示：在室溫 2 5℃、相對濕度為 4 0 %和 70 %條件下 ，同樣開機消毒 2h：,對白色念珠菌的殺滅率從 86.0 %提高到 99.93%。在相對濕度為 4 0 %時 ,開機消毒 6h不能破壞HBsAg抗原性 ;相對濕度提高到 70 % ,HBsAg抗原性可完全被破壞。溫度低，濕度大則殺滅效果好，尤其是濕度，相對濕度小于45%，臭氧對空氣中懸浮微生物幾乎沒有殺滅作用。在60%時才逐漸增強，在95%時達到最大值。臭氧濃度的取值，根據《消毒技術規范》及實際應用經驗，三十萬級取N=5mg/m3；十萬級取N=10mg/m3；萬級取N=30mg/m3；百級取N=40mg/m3。 （1PPM等于2.14mg/m3）。

具體的消毒時間，可以根據潔凈車間大小以及潔凈度等級要求來進行確定。臭氧消毒雖然有其自身的優點,但它對物體表面的微生物難以有效的清除, 因此潔凈車間的清潔還需要對車間內物體表面進行定期拭擦清潔消毒。另外，臭氧還對人體具有一定的刺激作用, 臭氧消毒必須在無人的環境下進行。